Slovo lilie pochází z řeckého slova leiron podobně jako jiné evropské ekvivalenty (ĺalia, Lilie, lily, lis, lilium, lilia, lilija, lirio, giglio atd.). Nejstarší vyobrazení lilie je asi 3500 - 4000 staré a bylo nalezeno na freskách na řeckém ostrově Santorin (lilie chalcedonská – L. chalcedonicum) a v ruinách paláce krále Minoa na ostrově Knóssos (lilie bělostná – L. candidum).

Ve starém Řecku byla lilie zasvěcena bohyni Afrodíté a také Artemidě a Heře. Odtud se kult lilie dostal k Římanům a lilie zdobily pomníky Diany a Venuše. Okvětní lístky dávali do podušek nebo je macerovali v oleji, který pak používali do koupele.

V severnějších krajích Evropy byla lilie bělostná symbolem čistoty, který přijali i křesťané. Lilie je proto často vyobrazena s Pannou Marií na gotických a renesančních obrazech. Lilie se pěstovaly v klášterech, odkud se rychle šířily do dalších zahrad.

V Číně jsou dochovány zprávy z druhého století n. l. o používání lilií v čínském lékařství. Ve 12. století Číňané rozlišovali několik druhů lilií (např. lilii kopinatolistou - L. lancifolium a stejnobarvou - L. concolor). Používali je k výživě - ze sušených cibulí mleli mouku, a to již od 10. století. Lilie tam byla vlastně užitkovou, nikoli okrasnou rostlinou.

O lilii chalcedonské se píše v Bibli, zprávy o dalších druzích se objevují od konce 16. století (lilie pacibulkatá – L. bulbiferum, zlatohlavá – L. martagon). V 18. století to byly lilie okázalá (L. pomponium), pyrenejská (L. pyrenaicum) a první americká lilie - lilie kanadská (L. canadense). Začátkem 19. století se do Evropy dostaly asijské druhy (lilie nízká – L. pumilum), stejnobarvá – L. concolor) a později i další druhy, většinou americké. Velkou pozornost vzbudily v minulém století japonské lilie (zlatavá – L. auratum a nádherná – L. speciosum) a jejich cibule se dovážely ve značném množství. Až začátkem tohoto století byly objeveny čínské trubkovité lilie, které se rychle staly velmi populárními. Mezi nejpozději poznané náleží lilie Macklinina (L. mackliniae), rodopská (L. rhodopeum), Soulieova (L. souliei) a stromní (L. arboricola) popsané v polovině dvacátého století.

Lilie tvoří rod Lilium, který je součástí čeledě liliovitých – Liliaceae, kde s velmi příbuznými rody Cardiocrinum, Nomocharis, Notholirion a Fritillaria tvoří podčeleď Lilioideae. K liliovitým náležejí i další známé květiny, jako jsou tulipány, hyacinty, sněženky, denivky aj. V přírodě jsou lilie rozšířeny v mírném pásu Eurasie od Španělska přes Rusko do Číny, Indie až Japonska. Dostaly se i do subtropických podmínek (Tchaj-wan). V Severní Americe se vyskytují od Kanady po Kalifornii a Floridu. Rozšířily se tam ze své pravlasti - z genetického centra v Asii.